金融支付清算系统是一个国家或地区对伴随着经济活动而产生的交易者之间、金融机构之间的债权债务关系进行清偿的制度安排，是由提供支付服务的中介机构，管理货币转移的规则；是实现支付指令传送及资金清算的专业技术手段共同组成的，用以实现债权债务清偿及资金转移的制度性安排。
金融市场竞争加剧使得金融产品日益多样化、复杂化，也使得金融系统越来越多采用科技进步成果，以提高金融系统运营效率，增强金融系统竞争性，改进金融系统管理效率。这就极大地促进了金融支付清算系统的改革和完善，推动支付工具和支付方式的变革。
顺应金融体系发展的需要，建议成立由中央银行、银行业监督管理委员会、证券监督管理委员会、外汇管理局、审计署等组成的支付清算委员会，并以中央银行的现代化支付系统为基础，成立国家清算银行，使其成为支付清算体系的核心，与商业银行行内资金汇划系统及同城票据交换所、证券登记结算公司、期货交易所结算部门共同构成中国金融支付清算系统的架构。
金融市场竞争加剧使得金融产品日益多样化、复杂化，也使得金融系统越来越多采用科技进步成果，以提高金融系统运营效率，增强金融系统竞争性，改进金融系统管理效率。这就极大地促进了金融支付清算系统的改革和完善，推动支付工具和支付方式的变革。
金融支付清算系统(payment system)也称清算系统、支付结算系统。它是一个国家或地区对伴随着经济活动而产生的交易者之间、金融机构之间的债权债务关系进行清偿的制度安排，是由提供支付服务的中介机构，管理货币转移的规则；是实现支付指令传送及资金清算的专业技术手段共同组成的，用以实现债权债务清偿及资金转移的制度性安排。
支付清算系统可以促进经济活动，方便市场交易，减少使用现金，维护市场次序，规范结算行为，防止支付风险，加快资金周转，提高社会资金使用效率，打击洗钱、逃债、逃贷、腐败等，维护金融稳定，为中央银行实施公开市场操作等货币政策提供基础。
由于目前的金融支付清算系统存在诸多缺陷，必须对其架构进行全方位的改革。以下是一些初步的改革构想。
一、将商业银行等机构的清算账户予以合并、集中
迄今为止，中国人民银行一直采用法定储备金作为其实施货币政策的主要工具之一，要求商业银行分行在当地人民银行分行开设储备金(存款准备金)账户。中央银行账户结构和储备金管理与支付系统的平稳运行密切相关。这种高度分散的账户管理方式分割了国家银行体制，使得银行监管变得困难，也不利于商业银行有效管理行内资金。全国电子联行系统也只能将支付清算工具交换最末端电子化了。这种高度分散的账户管理很大程度上阻碍了支付清算系统的一体化进程，不利于建立统一的基于RTGS方式的大额支付系统。
因此，应将商业银行分支机构的账户予以合并与集中，即在一个地区内，同一商业银行的所有分支机构在人民银行的多个账户将合并为一个账户，用于结算支付交易和法定储备管理。将所有中央银行账户集中在全国处理中心，建立全国统一的结算账户管理系统，中央银行各分/支行依然负责管理这些账户，如开户、销户、设立账户透支限额、管理法定储备金等。
此外，合并账户会简化异地支付业务的清算和结算，为同城票据清算所、商业银行内电子汇兑系统等提供方便的净额结算。
二、降低过高的储备金比率，规范账户管理
中央银行要求商业银行存放一定比率的法定储备金，以控制商业银行风险；通过票据贴现或债券回购等手段来实施其货币政策的意图。随着货币政策手段的丰富化、多样化，尤其是中央银行更多地采用公开市场操作，来影响货币供应及市场利率。因此，应把储备金作为实施货币政策的主要手段向公开市场操作等间接手段过渡。
其次，商业银行存放于中央银行的备付金比率过高，也不利于商业银行提高资金使用效率，因此，降低备付金比率也是势在必行。
规范账户持有人账户，可准确反映账户持有人信用情况，增进社会信用；还可促进支付结算工具与服务的创新，适应市场经济的需要。
三、建立统一、兼容的支付清算系统
支付清算体系各个组成部分是密不可分的有机整体。银行账户体系是支付结算的基础，银行账户资金的收付离不开支付结算工具，支付清算工具离不开支付清算系统的支持，支付清算管理体系则是保障支付清算体系良性运行的关键。而分割是中国支付清算体系的最突出的特点之一。
首先，它体现在各商业银行内部因地域、层级关系而形成的分割上。
商业银行分支机构甚至县级支行都在中央银行分支机构开设独立账户，分别代表一个独立的支付业务处理单位，形成十分复杂、严重分割的支付环境。因此，所谓跨行系统其实是商业银行跨分行的系统，并不存在真正意义上的跨行支付系统。在中央银行运行的同城清算所和全国电子联行系统EIS中是这样，即使对于各商业银行的手工三级联行或电子资金汇兑系统中，最终余额还是要跟中央银行进行结算，这种方式类似净额结算。从账户管理方式来看，跨分/支行的支付实际上应属跨行支付，因为中央银行必须为这些中央银行的账户持有者提供支付结算服务。另一方面，这些分支行又属于某商业银行，各分支行之间的支付交易又属于同一银行内。这显然不利于各商业银行的统一管理和运作。
其次，各商业银行支付清算系统之间也是分割的。
各种不同的支付清算系统是应不同的需求而产生的。现有商业银行支付清算系统是在各自封闭的专用网络上设计运行的，彼此之间基本上无法兼容和对接。在大额和小额支付结算系统之间，存在明显的区别，尤其在跨国支付清算方面。显然，各商业银行支付清算系统标准不统一，重复建设严重，造成资源浪费。
再次，支付清算工具的要素、记载要求、操作流程和数据信息标准贯穿于支付清算系统处理的全过程。
目前，支付清算工具创新力度不够，无法满足多种经济活动发展的需要。
事实上，支付清算系统现代化进程都是以支付结算工具的原理为基础而进行的，而支付结算系统又加快了支付结算工具的处理速度，推动了支付结算工具电子化的发展。中央银行不仅提供高效率的支付清算服务，而且还承担着改革发展支付清算工具的责任。
最后，中国证券登记结算公司的登记结算服务仍分散在沪深两个不同的业务平台上运作。
资源不能共享，系统设置重复，账户不能通用；资金代理结算银行与券商分别在两市开户，分散调拨资金，增加了运作环节，降低资金使用效率，影响市场的整体效率。而专门负责债券登记结算的中央国债登记结算公司也与前者不属同一结算系统，形成两个分割的登记结算系统，加剧了债券市场分割的格局，加大了市场的运行成本。二者与期货交易所结算系统不相容又加大了证券衍生产品创新的障碍，不利于股票指数期货、债券期货、期权等金融衍生品种的发育，不利于金融市场的全面发展。
因此，首先，应逐步建立起以中央银行现代化支付系统为主体，各商业银行行内汇兑系统并存，证券、外汇等其他交易系统与支付系统连接的大支付清算体系框架。
其次，加快中央银行的现代化支付清算系统，如建设大额实时支付系统、小额批量支付系统、政府债券登记系统、银行卡授信系统和同城票据交换系统的建设和推广。
再次，中央银行要把融资权和支付清算有机结合，允许大额支付的日间透支，允许有条件的商业银行以法人为主体建设行内汇兑系统，鼓励商业银行利用行内汇兑系统的网络技术，推行支付清算和会计核算的集中化处理。
最后，应逐步将两大证券登记结算系统以适当方式统一、连接起来，并与银行清算系统相联，建立容量更大，更高级、更规范、标准化处理的证券结算系统，统一证券账户和证券编码，消除重复交叉的结算系统结构。这样，既可形成安全、高效的登记结算业务平台，以降低证券市场运行成本；又可为建立融资融券制度提供便捷和监控机制，以提高市场运行效率，增加市场流动性，增强风险防范能力。
此外，还应统一各地历史上分别建立的地方证券登记结算系统，为非公开上市股票和债券的场外交易市场(OTC)和柜台交易的发展提供统一规范的基础条件，规范证券登记结算行为。
四、各金融监管部门对支付结算管理体系的职责划分与中央银行的作用
制定支付清算法规制度，维护支付清算系统的正常运行一直是中央银行的重要职责。随着商业银行行内结算系统日益完善，各行越来越重视各自的商业利益，中央银行对各商业银行电子汇兑系统的影响十分有限。中央银行只有尽快建立和完善其现代化的支付系统，以提高结算效率，降低结算风险，才能实现其对支付清算体系的监督管理。但是，过度分散的会计核算系统和传统的资金管理办法，使其现代化支付系统难以发挥预期的作用。因此，急需完善相应的支付清算制度，尽快建成行间支付系统特别是实时全额结算系统。
同时，商业银行强大的资金实力，使得它对支付结算系统的投入远大于中央银行，而且商业银行对支付结算实行收费服务。而中央银行支付清算系统购买电脑和通讯设备、应用软件开发所需资金均来源于财政预算和内部资金筹措，其支付清算系统的运行费用也是从中央银行日常支出中开支的，投资无法通过服务收费收回。为加强中央银行长期、随时更新支付清算系统的能力，可考虑对参加同城票据清算的银行机构，按比例分摊部分运行费用，按照成本回收原则实行新的收费政策，以维持中央银行清算系统长期、正常运行。
其次，原有中央银行的部分职能被划分出去后，中央银行监督管理下的银行支付清算系统、证券登记结算系统中原本错综复杂的矛盾更加突出，各部门协调环节增加，协调成本提高，监控效率下降。从银行业监督管理的角度来说，对银行支付清算系统的监督管理是应有之义。否则，银监会很难实施其对银行业经营活动的监控。而且证监会对证券期货业结算的监控已有从以往中国人民银行分离职能的先例。但另一方面，中央银行对银行支付清算监督管理的必要性也是不可替代的，因为它要通过支付结算工具，灵活地开展公开市场操作以实现其货币政策意图。对支付清算体系的监控应是连续的，否则，可能导致管理上的空白点，甚至是风险的积累。
如果不能有效区分各部门职责，避免政出多门，保持法律的一致性、严肃性，就无法消除支付清算体系规范发展和创新中的各种障碍，培育支付清算服务市场的正当竞争环境，制定统一规范的支付清算标准，防止洗钱等犯罪行为，保护投资者与消费者的合法权利，增强公众对支付清算系统安全与效率的信心。
各国经验表明，无论设立综合性金融监督管理机构，还是单独设立银行业监督管理机构的，都未将支付清算工具与支付清算系统管理分割开来。美国、加拿大、欧盟、澳大利亚等通过立法来确立中央银行管理支付工具和支付系统职责。而美、澳还在中央银行设立专门的支付结算体系管理部门基础上，吸收其他政府部门和协会性质的机构参加，成立了与货币政策委员会等同的支付体系委员会。在"9·11"事件中，美国的这套运作系统发挥了很好的作用。当然，其前提都是不存在类似中国这样中央银行与专门的银行业监督管理部门并存的情况。
综上所述，建议成立由中央银行、银行业监督管理委员会、证券监督管理委员会、外汇管理局、审计署等组成的支付清算委员会，并以中央银行的现代化支付系统为基础，成立国家清算银行，使其成为支付清算体系的核心，与商业银行行内资金汇划系统及同城票据交换所、证券登记结算公司、期货交易所结算部门共同构成中国金融支付清算系统的架构。
结构·特点·缺陷
一、中国金融清算体系的结构
1、反映全社会经济活动资金支付清算全过程的银行账户体系
它包括政策性银行、商业银行、城乡信用社、合资银行以及外国银行的分行和办事机构为企事业单位和个人商品交易、劳务活动等经济往来所引起的货币收付活动，而在银行开立的各类活期存款账户；中央银行为商业银行实现行间清算支付，抑制派生存款而开立的存款准备金账户，即清算账户。
商业银行的每家分支机构都要在所在地人民银行分支机构开设三种账户:储备金账户、备付金账户及贷款账户。支付交易的资金结算是通过商业银行分行在中央银行的备付金账户之间资金转账来实现的。一般而言，在同一管理等级上各商业银行、各分行相互不开设账户，同一级人民银行分/支行之间也互不开立账户，支付清算需把资金转账到上一级人民银行机构。证券、期货交易也是通过代理商业银行进行支付清算的。
2、以票据、信用卡为主体，以电子支付工具为发展方向，满足不同经济活动需求的支付清算工具体系
它包括以银行转账为特点的转账支付结算工具，如汇兑、委托收款、托收承付、借记卡、定期借记和定期借贷等；具有信用功能的信用支付结算工具，如银行本票、汇票、支票、信用卡、国内信用证等；以及新型支付工具，如网上支付、买方付息票等。
3、多元化、多层次的支付清算系统
迄今，中国支付清算系统包括以下相对独立的分系统:中国人民银行管理的2000多家同城票据交换清算所(LCH)，处理行内和跨行支付交易；四大国有商业银行内部的全国电子资金汇兑系统，处理全国三分之二的异地支付清算业务；中国人民银行运作的全国电子联行系统(EIS)，处理异地跨行支付的清算与结算；银行卡授信系统；邮政汇兑系统；以及正在推广、试图逐步取代现行电子联行系统的中国现代化支付系统(CNAPS)。
CNAPS(中国国家金融通讯网)系统将包括基于RTGS方式的大额支付系统(简称HVPS)、小额批量电子支付系统(简称BEPS)、银行卡授信系统及政府证券簿记系统。同城票据交换所将继续作为CNAPS的一个应用系统存在，但其自动化将会大大提高。CNAPS的大额资金转账系统是支付应用系统的核心，由中央银行拥有和运行。它采用RTGS方式，为跨行资金转账、金融市场、证券市场、外汇市场提供当日资金结算，将不再区分全国支付和当地支付，也不区分跨行支付和行内支付。
中国证券市场尚缺乏全国集中统一的登记结算系统。虽然目前已将沪深两市证券登记结算公司合并为中国证券登记结算公司，但沪深两地分公司仍然分别按照不同的登记结算方式负责两市证券交易登记结算，仍然属于不同的结算体系。
投资者在中国证券登记结算公司股东登记系统中开设上海证券交易账户，证券实行集中托管，逐笔交割。资金结算采用三级结算体制，净额结算。证券商在本地结算中心和代理银行本地营业部开立资金结算账户，存入足够的结算备付金，并在本地结算中心开立保证金账户，缴纳保证金。对于B股采用T＋3交割制度，对境外证券商和托管银行实行逐项交收。由于尚未建立起全国统一的支付结算系统，证券交割和资金转账之间的电子连结还不完善，因此难以实现真正的DVP。
而对于深圳证券结算，结算中心可选择各地中心城市的登记公司或交易中心承担，结算代理银行由商业银行担任。券商在进场交易前须一次性向结算公司存放保证金和结算头寸，保证金每月根据上月交易量调整。券商在结算公司开设保证金结算账户。异地证券商须在所在地人民银行分支机构和人民银行深圳市分行分别开立资金账户。目前，该支付清算系统限制了DVP的实现。
中央银行公开市场业务以及金融机构之间的国债、政策金融债的场外交易则由中央国债登记结算公司办理登记结算。联网客户在系统中开设有证券账户和资金账户。上海、大连及郑州三大期货交易所的结算部门则提供期货交易的结算服务。
此外，还有政府债券登记、交割和结算系统。该系统将依赖CNFN，CHINADDN和CHINAPAC提供的通讯服务，并与CNAPS、国际结算系统联网。系统将采用统一的国际证券编码。
4、支付清算管理体系
包括支付结算的法规制度性管理如《票据法》、《支付结算办法》、《人民币银行结算账户管理办法》、《支付清算系统准则》、《人民币大额和可疑支付交易报告管理办法》等；银行账户管理系统及日常监督检查、支付结算风险控制管理如结算违规社会举报制度、结算纪律定期检查制度及结算违规处罚制度等；支付结算纪律监督管理；支付结算纠纷协调管理及反洗钱工作管理，如大额支付交易监测系统及国际反洗钱合作等。
二、中国金融支付清算体系的特点
经过20多年的改革探索，中国支付清算体系已形成新的特点，具体表现在:
一是在同城支付清算和结算的高效与安全性上。分布在全国城市和县城的2500家同城票据清算所处理了三分之二的支付清算额，便于监管，控制支付结算风险。
二是支付清算系统的综合性及较高的自动化。同城票据清算所虽然以手工处理为主，但自动化程度已迅速提高，开始超越技术导向型阶段，逐步向技术业务混合型转化，从而实现新的业务处理流程和方式。
近年来，无论是中央银行、中国证券监督管理委员会，还是商业银行、证券交易所、期货交易所、证券公司、基金管理公司、期货经纪公司等，都对交易、结算的自动化、电子化进行了大量投资，基本上建立起了全国范围的通讯网络和各级各类支付清算系统。此外，以各种支付卡为代表的电子支付方式成为零售小款支付领域的重要形式，各类信用卡、借记卡一直保持高速发展。
三、中国金融支付清算体系的缺陷
金融改革进程中，形成了以中国人民银行为领导，多家商业银行为主体，外资银行、农村信用社、证券公司、信托投资公司、期货交易所、期货经纪公司等共存的多种利益格局，基本上实行四级管理的模式，形成多级宝塔式结构。因此而建立起来的业务管理系统突出了行政管理的需要，即逐级汇总，层层把关。这种状况使得业务管理系统既不能体现科技的促进作用，也难以适应金融体制改革和金融发展的要求，尤其是适应支付清算体系的发展需要。
其次，改革中的支付清算体系及其监督管理体系也因金融监管体制的变革而产生新的问题，与金融支付结算体系内固有的问题共同制约支付清算体系的现代化、金融支付结算的次序、交易的安全及社会信用的健全性。
