上海自贸区在一个多月的时间内从批准到设立，成为全球瞩目的焦点。2013年8月22日国务院正式批准设立中国（上海）自由贸易试验区，9月27日上海自贸区总体方案出台，9月29日上海自贸区正式挂牌，当日晚间公布了负面清单。自贸区如此迅速实体化，大大超出国内外学术界的预期。
从自贸区的含义和改革前景看，自贸区将是一个制度和模式的根本性改革，由于涉及到的重大改革领域和制度性改革不仅是自贸区本身或上海市，更多将涉及到全国层面的改革，特别是金融、法律、行政、监管和机构协调等领域，目前仍然存在众多的问题。从实际改革和未来发展看，上海自贸区任重道远。
上海自贸区的定位问题
关于上海自贸区的定位，第一个问题是上海自贸区自身的定位。最近几年特别是新一届政府执政以来，中央政府致力于经济改革与转型，出台了较多举措，并设立了众多示范区。但是，值得关注的是，上海自贸区如果为又一个示范区，只是以自由贸易为基础，这样将是原有政策体系的延续；如果是具有中国经济系统性改革意义的试验区，那将是一个崭新的示范区。从改革的角度出发，系统性改革试验区比自由贸易园区的定位更重要。
上海自贸区的定位关乎其未来的改革与发展战略。根据王国刚的研究，中国改革开放的目标大致可以分为三类：一是基于制度的根本性改革；二是基于资源配置效率提高的改革；三是基于机构设置或政策优惠的改革。第一类改革解决的是经济发展的框架问题，比如深圳刚开始设立为特区即为制度性变革，为中国建立市场经济体系摸索经验。第二类改革是解决经济发展的动力问题，比如经济特区扩展、开放成为多元格局，为中国经济发展和资源配置效率提高提供了支撑，比如五个经济特区、上海浦东、天津滨海等的设立都是为经济增长和资源配置服务的。第三类改革是与机构设置或政策优惠相关，各地争相设置的开发区、示范区等都是力争获得上一级政府或中央政府的政策优惠权，同时各地可以设置新的机构。这三类改革中，最为关键且目前最缺乏的就是第一类改革，上海自贸区或者深圳前海如果能够定位于此，那后续改革的战略框架将是全局性的。但是，从目前上海自贸区的方案、负面清单等情况来看，自贸区的定位及其相关的改革可能尚未到达第一类改革的战略性高度。
在上海自贸区的定位中，第二个问题是上海自贸区与其他自贸区的关系。自国务院批准设立上海自贸区以来，国内多地蜂拥而上，包括重庆、天津、厦门、粤港澳（广州南沙、深圳前海和珠海横琴）等地都积极表示要建立自贸区。各地似乎认为自贸区就是政策红利，而没有看到自贸区的挑战。中国能否在短时间内设立并运行这么多的自贸区，它们之间的关系又如何，执行的标准和实施的政策是否一致等，都是各方特别关注的问题。另外，各个可能的自贸区之间的关系和分工，特别是上海自贸区与前海深港现代服务业合作区的关系，前者是自贸区，后者是特区中的特区，二者都具有政策先行先试的优先权，中央政府在上海与深圳的改革上如何布局，也是大家关注的重点。
在定位中，第三个问题是上海自贸区与自由港的区别。部分机构指出，从中央政府和上海的表态，以及从自贸区的方案看，自贸区是保税区的组合升级，但又没有提及自由港，那上海自贸区在自由化程度上是如何界定。伦敦、新加坡、香港以及一些小岛是自由港的概念，国际上对自贸区的界定也是不统一的，中国政府需要在自由“度”上明确界定。这个问题实际上隐含着上海与香港的关系问题，如果自贸区是一个自由港，那么无异于是第二个香港，可能导致上海与香港的直接竞争。
更多的综合配套改革
上海自贸区是基于市场化运行，政府的地位将被弱化，但是政府的作用仍然是重要的。自贸区的改革和发展，需要实行更多的综合配套改革，部分改革甚至可能是颠覆性，比如自贸区内的外资机构的法律适用可能要有重大的变革。
一是政府政策稳定性。相对于政策优惠而言，一个稳定的政策框架对于经济发展和内外经贸联系更加基础。国外一些研究认为，与其他自由市场不一样的是，中国各级政府对经济和市场的行政干预非常明显，希望以需求管理来熨平经济周期的波动，但是经济周期波动被熨平则意味着政策的波动性加大，这对自由贸易和投资是不利的。
二是工商服务便利性。自贸区实际上已经不是一个贸易自由区，更是一个“交易自由区”（裴长洪，2013），为此，自贸区将更加注重金融交易，而不仅仅是贸易，涉及到的工商服务更加专业且高效，比如交易、清算结算、审批、法律、会计、审计、通关、汇兑等。
三是政府管理能力。自贸区是一个基于市场化进行运作的，需要的是一个小政府，政府管理模式将由重审批转向重服务。服务的要义在于提供公平的法律体系、高效的行政程序和便利的商业环境。这个方面更主要的是针对上海而言的，上海自贸区和政府的管理服务能力将受到较大挑战。
四是政府部门的协调。自贸区的设立和发展，必将涉及到众多的政府管理部门，比如专司贸易的商务部、专司货币政策的人民银行、与资本项目开放直接相关的外管局、与税收政策相关的财政部与税务总局、与机构设立相关的工商总局等等。部分改革将是对现有政策框架的颠覆，特别是负面清单。虽然部分部门已经出台支持自贸区的政策，但是，对部分关键领域的改革仍持保留态度。基于国民经济特别是金融体系的稳定性，自贸区的改革与国家整体稳定的平衡将是最为棘手的部门协调问题。
最直接的贸易例子就是部分服务贸易的市场开放，商务部可能会持不同意见，自贸区开放一定意义上是中国市场的开放，商务部可能会认为这对于国内相关行业的冲击太巨大太直接。最简单的金融例子就是利率市场化，存款利率市场化是中国利率市场化改革的最后一环也是最重要一环，日本、韩国和台湾地区都花费近十年才完成，这个环节的改革能否或者适不适合在自贸区全面推行，人民银行和（或）银监会也可能持有不同意见，因为这可能涉及到国内金融机构资产负债结构以及业务模式的根本变化，国内银行机构是否做好准备存在重大不确定性。
五是监管有效性与动态性。虽然上海自贸区在方案中仍然沿用保税区的“一线放开、二线关注”的模式，但是，基于自由贸易的自贸区不大可能是一个区域概念，自贸区的风险一定程度上就是中国经济和金融体系的风险。由于自贸区实行前国民待遇和负面清单，未来准入门槛就会非常之低，监管机构的重心需要从事前审批转事后监管。事后监管的责任就更加重大，有效性必须大大提高，否则中国经济和金融体系的稳定与安全就会受到明显冲击。比如，自贸区内可能注册了上百家的银行，在国内监管法律可能部分失效的情况下，国内银行业务监管部门能否及时跟进并确保银行业务不出现区域性和系统性风险，并且保证中资银行业对经济的控制力，存在不确定性。同时，外资企业规避负面清单的方法将动态变化，监管的动态性和及时性要求更高。上海及经济金融管理当局在监管能力建设、有效性和动态性监管等需要大力完善。
