在影响金融生态环境的诸大类因素中，金融部门独立性是最为直接的一个决定因素。在发达市场经济中，金融部门同实体经济部门一样，是自主经营、自负盈亏、产权清晰、权责明确的独立个体。但在国内，由于经济发展阶段和历史方面的原因，金融部门通常不具有这种充分的独立性。这种现象的一个直接后果就是金融机制的人为扭曲和功能紊乱，不利于金融生态的平衡发展。
一、城市金融部门独立性不足的产生原因
具体到国内各地的城市，引致金融部门独立性不足甚至处境恶劣的主要原因有三个方面：
第一，产权制度与市场机制方面的弊端。长期以来，国有产权的制度安排使得国有产权占主导地位或受国有产权间接控制的金融机构摆脱不了对政府的行政隶属和对上级领导关系的“纵向依赖”。由于产权主体不具备独立的决策权，所有权也就成为一个模糊的概念，“剩余索取权”也因此失去监督意义，企业的产权结构失去了有效的制衡机制。另外，在市场机制方面也制约金融部门的独立性。由于国内的市场经济改革仅有20多年的短暂历史，经济转轨是一个缓慢的过程。相对于国有经济而言，民营经济从被确立市场地位到占据一定经济比重也才是10多年的事情。在这种背景下，市场自由竞争机制还相当不够完善，也没有完善的制度保障。因此，以商业银行为主的金融机构，以信贷业务为主的金融服务及其技术创新缺乏市场经济的激励与约束，制约了金融机构作为市场独立主体所应有的积极性。
第二，市场经验欠缺与竞争力不足。由于国内的所有制改革和股份制改革都起步较晚，时间较短，而相对于生产部门企业而言，金融机构股份制改革与现代企业制度变革起步更晚，缺乏市场竞争的磨砺和经验积累。这样在客观上造成了，金融机构自主经营的能力和市场竞争能力差，甚至在主观上也需要政府部门的特别扶植。以银行业为例，占主导地位的工、农、中、建四大商业银行在上个世纪90年代末才开始股份制改革，这种改革至今都尚未完全铺开，已实施的改革举措也还不够全面彻底。此外，股份制商业银行和国有政策性银行也都存在着内部经营管理机制不健全、市场经验和国际竞争力严重不足的问题。在外汇市场和资本市场陆续开放的经济背景下，与外资银行相比，国内银行业的金融产品开发和服务技术都还有相当大的差距；在人才、技术与企业文化等方面则处于落后而被动的境地。在金融市场进一步开放进程中，国内金融部门因市场经验欠缺与竞争力不足而引致的独立性不足问题，将进一步暴露，由此，在国内各城市的层面上，也会由于金融机构的市场经验和竞争力方面的差异，表现出不同城市之间金融机构的独立性不尽相同。
第三，地方政府过度干预的影响。在市场经济改革过程中，地方政府财权与事权不对等造成的地方财政紧张，加上地方政府缺乏正常的市场化融资途径，客观上引致了地方政府对金融部门的金融行为进行行政干预；而地方政府官员片面追求GDP政绩考核导向，加上中国金融体系的软预算约束，又强化了地方政府争获得金融资源并逃避风险责任。这些来自政府部门的行政干预，影响了金融部门运营的独立程度，使得金融部门内部取得的现代企业制度改革难以得到充分有效的外部制度环境保护。
综上所述，在金融部门面临的内外制度环境的尚未完善、市场竞争能力还有不少欠缺的条件下，其独立性将仍将面临着严重的挑战。对于这一问题的解决，需要随着市场经济的发展，产权制度的不断完善，企业自主经营管理能力的提升和政府部门职能的调整等多方面因素的共同推动。
二、金融部门独立性对金融生态的影响
城市金融部门独立性对城市金融生态环境的影响，可以从如下两个方面进行分析：
第一，制度因素所引致的金融部门独立性不足，可能导致金融机构在现有制度约束下优化自己的行为选择。在产权不清、市场机制不健全的制度环境下，金融机构的管理层会偏向于本机构利益，在行为上的表现，或者随波逐流地维持机构发展现状，或者在权责不对称约束下激进冒险。这些行为都将影响到金融机构的客户选择战略、市场营销行为、服务质量提高、金融产品创新和服务技术改进，从而，影响到金融功能的发挥，金融资产质量的优化，甚至影响到经济社会发展与金融发展的相互协调。地方政府职能转换不足，不履行正当政府职能而过度干预经济金融领域的活动，将引致金融机构在权责不清条件下的不利选择，或者在被动环境中生存空间受到压缩而丧失提高经验管理能力的时间，最终将引致金融生态恶化。
第二，由金融机构自身市场经验和竞争能力不足所引致的金融部门独立性不足，可能导致金融服务活动缺乏必要的竞争性和流动性，陷入地方金融保护、金融部门独立性不足与金融服务能力低下的恶性循环，最终引致城市金融生态环境的恶化；也可能在开放的竞争环境下，使原有金融机构的发展能力难以抵御外来金融机构的挑战，从而，危及生存。在金融服务活动的高度流动与激烈竞争中，城市金融生态系统的动荡不安，将不利于维护正常的经济社会生活秩序，容易发生金融生态系统自我平衡的功能紊乱。
综上，市场制度与金融机构自身的变革是影响金融部门独立性的主要因素，也是影响金融生态环境的重要因素。事实上，它们二者之间是相互关联的。在市场实践中，既定制度下的行为选择与行为对制度的挑战和要求常常相互反馈，使得市场制度建设与金融机构自身的变革也可以彼此促进。从实践经验来看，由于各个城市在经济金融发展中的处境不同，金融部门自身的独立发展能力以及受到政府部门的干扰或地方市场的制度约束也有所不同，由此表现出来的城市金融生态环境也有所不同。
下面，我们重点考察由于地方政府干预差异带来的城市金融部门独立性的差异，以及城市金融生态环境的差异。在那些国有经济占比较高、民营经济不发达的城市，由于地方政府无法摆脱财政收入的困局，往往会采取干预和控制本地金融部门(城市商业银行和农信社)的做法来为财政赤字和本地国有企业融资，由此可能形成大量不良资产(地方政府对城市商业银行资源侵占的结果是，截至2003年底，全国112家城市商业银行贷款余额6523.91亿元，其中不良贷款余额1078.11亿元，占比达16.53%。全行业亏损为55.97亿元，历年累计亏损的有50多家，占到112家城市商业银行的45%，处于高风险状态的有22家，其中13家已经资不抵债)。对此，通过实证分析得到了进一步的验证。
在对设立城市商业银行的112个城市的财政缺口与银行不良贷款率进行分析中，可以看出，一般性财政缺口越高的省市，城市商业银行的不良率越高，二者表现出很强的正相关性。因此，城市商业银行的不良贷款比率，在某种程度上，可以作为地方政府介入和左右金融部门活动的重要替代指标。
相反，在民营经济发达的地区，它们的信用文化一般也比较发达。这是因为民营企业在向银行贷款时，实际上已经将自己的财产抵押给了银行(如不能归还贷款，银行将对其实施破产清算)，因此，它们在向银行进行贷款时会更加谨慎，在使用贷款时也会更有效率，在还款方面会更加积极。因此，在民营经济发达的地区，银行部门可以充分利用信用文化这种具有很强“外部性”的公共产品，节省大量的信息产品成本，降低信用风险。类似地，其它金融组织也可以同样利用这种金融资源优势，提高自己的金融资产质量。
随着地方治理与银行改革进入不同阶段，地方政府干预金融的形式也在不断变化，由初始的直接行政干预到对银行决策施加影响，再过渡到目前的通过逃废银行债务间接争夺银行资源，再到经营土地等公产到银行部门换取货币支配权等等。
三、金融部门独立性的评价要素
评估地区金融部门的独立性，我们主要关注政府公共企业贷款占比、国有企业贷款占比、信用贷款及透支占比、土地抵押贷款占比以及当地城市商业银行不良率、中长期贷款占比等方面的定量指标。对于这些指标，主要采用了央行调查统计司的数据，并以此为基础处理成若干生成性指标来共同反映金融部门独立性。
